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新型冠状病毒包含艾滋病毒序列?科学家蓄意改造吗?_凤凰网科技_凤凰网

事故:印度某钻研团队提出,新型冠状病毒(2019-nCoV)带有4个来自于艾滋病毒(HIV)的短肽序列。误导舆论觉得新型冠状病毒可能来自工资蓄意改造。

辟谣:印度团队的钻研措施和逻辑存在根本性差错。其不雅点、推论和结论均不成立,大年夜有蹭热度之嫌,已受到各国学者质疑和抨击。

1月31日,来自印度印度理工学院的某科研团队,在美国冷泉港实验室旗下的BioRxiv预印本(不是正规学术期刊)平台上传(不是颁发)了一篇关于新型冠状病毒2019-nCoV的文章[1],激发了广泛的关注。

BioRxiv预印本是啥?

首先要提一句,BioRxiv是个旨在为科学家们供给更快速的文章公开渠道的平台。平日,颁发在正规学术期刊上的论文必要经历投稿、初审、完善数据、二次评审等繁杂而坎坷的流程。这一历程耗损的光阴每每因此月以致是年来谋略。

但无意偶尔紧张的科学数据等不及漫长的审稿,为了保障时效性,就有了BioRxiv预印本这样的不必要任何审稿历程的预印本平台。任何人任何单位做的任何内容的钻研都可以上传到此平台,于是,这个平台上的很多文章都不正规,没颠末同业评讲和广泛认可。那些上传了预印本却未能在正规学术期刊上颁发的文章,大年夜多都有着致命的问题。我们本日要评论争论评论争论的这篇印度论文也不例外。

这篇文章钻研了啥?

让我们来看看文章到底讲了些什么。

首先,作者精心“遴选”了一系列冠状病毒的基因组序列,建立的系统进化树,发明新型冠状病毒和SARS病毒亲缘关系近来。

系统进化树解析:软件根据基因序列的同等性进行聚类,同等性越高,那么两者间分支的数量就越少,阐明亲缘关系越近。反之则越远,作者指出2019-nCoV和SARS病毒亲缘关系近来 | 参考文献[1]

于是,他们用此次新型冠状病毒的刺突糖蛋白(Spike glycoprotein)序列和SARS病毒的同源蛋白进行了一下比对。然后发明2019-nCoV的刺突糖蛋白比SARS病毒的同源蛋白上多出来了4个自力的短肽段(6-12个氨基酸阁下)。作者由此指出,多出来的4个短肽段是2019-nCoV独占的,其他冠状病毒没有。

蛋白序列比对解析:数字代表蛋白质中氨基酸的排列序号,每个字母代表一种氨基酸。例如M=甲硫氨酸,F=苯丙氨酸等。每大年夜行中有三小行,第一行是新型冠状病毒2019-nCoV,第二行是SARS,第三行是他们之间的同等序列。此中标记为血色的部分阐明两者的刺突糖蛋白在这些位置的氨基酸完全同等;蓝色的部分便是不合的;而“----”代表缺掉的。可以看到2019-nCoV的刺突糖蛋白在标记的Insert1-4的位置确凿比SARS的刺突糖蛋白多了一些肽段 | 参考文献[1]

为了找到这些肽段的滥觞,作者又在数据库里搜索了一番——什么?这些多出来的短肽段竟然和HIV-1中的gp120和Gag蛋白高度相似。作者觉得这统统并非偶尔,经由过程一些布局模拟,他们预测这些多出来的短肽段可能对新型冠状病毒与其受体的结合有关。

Insert1和2均可与HIV-1的gp120的部分肽段完全100%匹配。而insert3和4则分手与HIV-1的gp120和gag蛋白有不完全的匹配 | 参考文献[1]

接着,作者冷箭伤人地将论点往工资操作的偏向向导。例如,该文的图3的图注原文说“Modelled homo-trimer spike glycoprotein of 2019-nCoV virus。 The inserts from HIV envelop protein are shown with colored beads, present at the binding site of the protein。”翻译过来的意思是:“新型冠状病毒病毒刺突糖蛋白的同源三聚体布局模拟。我们用几种不合的颜色分手标记了那些来自HIV包膜蛋白的短肽段”。作者有意用了“from”一词让人错以为这些短肽段似乎是由HIV嫁接过来的一样。

图 | 参考文献[1]

该文在收集上公开之后激发了世人的各类臆想和预测。有人说,这是中国病毒钻研的切尔诺贝利,还有人说这是美国改造病毒的阴谋。

这篇未经同业评议的文章,被当成正经论文在收集上放大年夜鼓吹

这些论调都基于论文不雅点精确的条件下衍生出来的。

但事实上,这篇文章无论在钻研措施和照样逻辑上都犯了致命的差错,以致完全经不起推敲。

问题1

以偏概全离开事实

作者在文章开篇建立的系统进化树可以说非常粗拙。在建立进化树时选择的数据越少,其推导出的结论可托度就越低。作者为了得出自己的不雅点,遴选了一些不合滥觞的冠状病毒数据:例如,蝙蝠、兔子、猪、骆驼、家禽,以及2003年的SARS病毒和2014年的MERS病毒来进行聚类阐发。

图 | 参考文献[1]

从作者的进化树不丢脸出,新型冠状病毒和SARS的亲缘关系近来,和蝙蝠滥觞的冠状病毒反而还有点远。

这一结果与近期我国多位科研事情者所给出的钻研结论相悖。我们找到了与这篇论文同一天刊登在《科学》杂志上的一张系统进化树,此中的关键数据便是我国闻名病毒学家——石正丽的科研团队供献的。

图 | 参考文献[2]

这张图中引用的数据更多,其结论也加倍清晰清楚明了。我们可以清楚地看到几个大年夜分支,首先SARS和来自果子狸的SZ3分离株同源度最高,处于同一分支,它们又和一些蝙蝠滥觞的冠状病毒相似度较高,隶属于一个更大年夜的分支内。由此我们可以揣摸这个病毒传播道路是蝙蝠→果子狸→人。此次的武汉新型冠状病毒和来自蝙蝠的RaTG13分离株的同源度最高,处于另一分支内。两者只管相似,但大年夜概率具有不合的进化和传播道路。今朝因为光阴短暂,短缺更多测序数据,尚无法确定蝙蝠和人之间是否还有中心宿主。

而来自印度的作者疏忽了RaTG13这个分离株的数据。坚称自己发明的4个短肽段的是武汉新型冠状病毒特有的(暗示工资加入)。事实上,我们在来自蝙蝠粪便的RaTG13病毒分离株的刺突糖蛋白上也能找到这4个短肽段,或完全同等或高度相似。阐明新型冠状病毒的这些肽段早就天然存在。作者的论点不攻自破。

比对结果显示,来自蝙蝠粪便的RaTG13病毒蛋白中也能找到文章中提到的4个短肽段,或完全同等或高度相似 | Nekout

问题2

欲加之罪何患无辞

这篇文章的另一个关键论点,是这4个短肽段和HIV的蛋白上一些肽段高度同源。然而这一论点同样“不小心”轻忽了一些数据。

下面这个网站是生物学界最势力巨子的序列比对对象BLAST,有了它,就可以足不出户造访天下上最全的生物学序列数据库,比对任何序列数据。

我们把1号肽段的6个氨基酸放进查询序列框内,然后直接点击页面底部的BLAST按钮。

我们会发明,许多蛋白都具有这段6个氨基酸的序列,全都是100%的同等性。它们分手来自不合物种的不合蛋白,从哺乳动物到细菌都有,可能翻完一整页都看不到HIV的信息。

包括细菌和鱼类等很多物种都有这个序列,而作者偏偏“醉翁之意”地选出了HIV。

那么我们再缩小一下搜索范围,把物种限制在HIV里找寻一次,看看效果若何。

嗯。确凿能在HIV上找到具有100%同等性的肽段。

以上这些阐清楚明了什么呢?

我们打个比方赞助你理解:假设你写了一段话颁发在网上,有好事者想证实你的话是抄来的。怎么证实呢?他从你的句子里挑出“我快无聊逝世了”6个字扔进搜索栏,同时输入某明星的名字,发明完全同等,然后就说你的话是从明星那儿搬来的。但事实上,险些所有人都在收集上说过相同的话,并不单单是某明星的专属。

蛋白质序列和翰墨一样,序列越短,随机呈现在各个物种的概率就越高,拿6个片段比对出的结果和“我快无聊逝世了”一样,是没有任何意义的。

说到这里你应该能体会到该论文的荒诞之处了吧。

问题3

牵强附会故弄玄虚

别的,文章的作者不停在向导大年夜家把新型冠状病毒和HIV病毒联系在一路,实际上这两种病毒的感染要领截然不合。

病毒感染的第一步是和细胞上的受体间特异性结合。HIV的常见受体蛋白是人免疫细胞上的外面抗原分解簇4受体蛋白(CD4蛋白)。人体只有部分免疫细胞会集成这个受体蛋白,没有这个受体的细胞很难被感染。而且HIV无法感染除了人以外的其他动物。想在小鼠或其他实验动物中钻研HIV的感染历程,首先必要经由过程转基因技巧将人的CD4蛋白转入小鼠的免疫细胞中,否则钻研无法进行。

HIV感染细胞的示意图

而2019-nCoV的刺突糖蛋白所结合的受体是血管首要素转化酶2(ACE2),它在很多黏膜组织细胞中都广泛存在的,这使得它能经由过程呼吸道及其他黏膜进行传播。

可见,这是两种井水不犯河水的病毒,受体和感染历程都有天地之别,作者仅从几个的零星的肽段就揣摸2019-nCoV从HIV那里得到了“超能力”,实属天方夜谭。

这篇文章上传后,已经饱受来自天下各国科学家的质疑和品评,作者自己也表示会根据大年夜家的意见从新改动文章,避免带来更多误解。

国内外闻名科学家纷繁对这篇不靠谱的论文提出品评

以是,这篇文章根本便是一个闹剧。盼望大年夜家擦亮双眼,对这类凑热闹不嫌事大年夜的报道前进鉴戒,莫被阴谋论误导。

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